MTX kan misselijkheid geven en maag-darmklachten. Als je MTX ’s avonds inneemt heb je daar minder last van, omdat je dan slaapt en niet hoeft te eten. Gelijktijdig gebruik van foliumzuur kan de werking verminderen, maar als het 24 tot 48 uur na de MTX wordt ingenomen kan het de ontwikkeling van aften in de mond voorkomen. Nadat je met MTX bent gestopt verdwijnen de misselijkheidsklachten meestal snel. De lever kan geïrriteerd raken waardoor de leverenzymen in het bloed stijgen (transaminasen). Regelmatige bloedcontroles zijn nodig om lever en nieren in de gaten te houden. Alcohol wordt afgeraden, omdat het de lever extra kan irriteren en beschadigen. Omdat MTX uitgescheiden wordt via de nieren, moeten deze goed werken. Bij nierfunctiestoornissen heb je meer kans op bijwerkingen en negatieve effecten van het medicijn. Heel soms verandert ook het bloedbeeld waardoor je bloedarmoede krijgt (te weinig rode bloedcellen) of vatbaarder wordt voor infecties (te weinig witte bloedcellen). Je kunt ook last krijgen van haaruitval, gelukkig tijdelijk.
Sulfasalazine kan dezelfde klachten geven, dus misselijkheid, toename van leverenzymen en minder witte bloedcellen. Ook kun je huiduitslag, koorts of hoofdpijn krijgen. Regelmatige bloedcontroles zijn noodzakelijk om je lever- en nierfunctie en je bloedbeeld in de gaten te houden.
Leflunomide kan ook misselijkheid, maag-darmklachten en toename van leverenzymen veroorzaken. Hoofdpijn, verhoogde bloeddruk, bloedarmoede, snellere bloedingen en huidafwijkingen komen ook voor.